En 2008, el Tribunal Constitucional (TC) declaró fundada la demanda del Club Deportivo Wanka contra la Federación Peruana de Fútbol (FPF) y su presidente Manuel Burga Seoane. Tras este pronunciamiento, quedó sin efecto la resolución que dispuso la desafiliación de esta institución deportiva respecto de las competencias nacionales e internacionales. Así lo dispuso el Colegiado en la sentencia recaída en el expediente Nº 03574-2007-PA/TC.

El TC sostuvo que se violaron los derechos fundamentales al debido proceso, de defensa y de asociación. En ese sentido, desarrolló jurisprudencia sobre las federaciones deportivas, en particular, la FPF que no es inmune al control constitucional, es decir, no existen islas ni zonas de indefensión.

Así, el TC dejó claro que no existe justificación constitucional alguna para que la FPF se encuentre relevada de control constitucional cuando no se respeten los derechos fundamentales en el marco del debido proceso y la tutela jurisdiccional efectiva.

Así, al ejercer sus funciones, la FPF -como cualquier otra persona jurídica de derecho privado- debe hacerlo sujetándose a los lineamientos establecidos en la Constitución. Por ende, sus actos tendrán validez constitucional en tanto no contravengan el conjunto de valores, principios y derechos fundamentales contenidos en la Constitución.

De esta manera el TC restableció el derecho fundamental que tiene una asociación privada, en este caso, el Club Deportivo Wanka que el año 2004 fue bajado de la liga profesional a su liga de origen, tras haber presentado una denuncia penal contra Manuel Burga Seoane, por lo que amparándose en un artículo de la FPF que impide a los asociados judicializar los temas de carácter deportivo, decidió expulsar a este club.

No obstante, se determinó que la FPF pretendió aplicar las bases del campeonato de fútbol de forma retroactiva.